python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

1. 用SimpleITK读取dicom序列：

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'
mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)
reader.SetFileNames(img_names)
image = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)
reader.SetFileNames(mask_names)
mask = reader.Execute()
mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

2. 用dicom读取单张dicom图像并显示：

import dicom 
import pylab  
 
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")  
pixel_bytes = ds.PixelData 
 
##CT值组成了一个矩阵 
pix = ds.pixel_array 
 
##读取显示图片 
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
pylab.show() 
如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：

##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成PixelData 
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 
  if val < 300: 
    ds.pixel_array.flat[n]=0 
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring() 
ds.save_as("newfilename.dcm") 

3. 此外，用pydicom也可读取dicom图像

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