conda之packages管理

conda的核心功能包括environments和packages的管理，在之前的文章中介绍了environments的管理技巧，本文来看下packages的管理方式。

根据常用的操作，可以分为以下5个部分

1. 查找

在当前的channels中，查看是否有符合条件的packages, 用法如下

conda search numpy
Loading channels: done
# Name Version Build Channel
numpy 1.5.1 py26_1 anaconda/pkgs/free
numpy 1.5.1 py26_3 anaconda/pkgs/free
numpy 1.5.1 py26_4 anaconda/pkgs/free

对于一个package而言，既有版本的不同，也有来源channel的不同。通过查找操作，可以明确当前channels中是否包含了对应的包，以及其版本号, 为后续的操作做准备。

2. 安装

对于channels中包含的packages, 可以直接在线安装，可以自动下载并解决依赖包的安装问题，同时需要指定安装的environment，用法如下

conda install -n myenv numpy

如果没有显示指定env的话，则会安装在当前的env里面。对于包管理而言，默认会安装能找到的最新版本，如果需要指定版本，可以采用以下语法

conda install numpy=1.15.1
conda install 'numpy<1.15'
conda install 'numpy>1.5'
conda install 'numpy>1.5,<1.15'

3. 更新

对于某个env下的包，如果channels中有新版本的话，可以通过以下命令来进行升级

conda update -n myenv scipy

4. 删除

从指定env中删除某个package的命令如下

conda remove -n myenv scipy

5. 查看

通过以下命令可以查看特定env下安装的所有包

conda list -n myenv

对于conda的包管理功能而言，当我们没有指定env时，都会使用当前激活的env, 如果没有激活的env,则使用base env。

·end·

一个只分享干货的

生信公众号