python读写ini格式的配置文件

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生信工程师的日常工作中，除了进行脚本编程，处理文件读写，画图，统计等常规操作，还会涉及到编写一整套完整的pipeline，此时就需要一个标准的配置文件，来保存需要的参数设置。业界常用的标准化的配置文件格式有以下几种

ini

json

xml

yaml

ini作为windows上配置文件的标准格式，更加易于没有编程基础的人来编写和修改，后三种格式则对于程序而言更加友好，处理更加方便。一个ini文件的示例如下

[DEFAULT]
threads = 5
[SAMPLE]
suffix = fastq.gz


[MAPPING]
method = bowtie2
threads = 10
filter = false
mapq = 20
map_ratio = 0.8

每一个中括号和其相关配置称为section, 中括号内的名字则为section的标识符，区分大小写。上述示例中，3大块内容对应3个section。在section下面，以key = value的形式定义了很多的参数，key是不区分大小写的，而且这一行多余的空格也会被忽略掉。

在python3中，通过内置模块configparser来读取ini文件，用法如下

>>> import configparser
>>> config = configparser.ConfigParser()
>>> config.read('config.ini')
['config.ini']

读取成功后，所有的内容存储在config这个对象中，可以用类似字典的操作来访问数据

# sections方法返回所有section的名字
>>> config.sections()
['SAMPLE', 'TRIM', 'MAPPING']
>>> config['SAMPLE']
<Section: SAMPLE>
# 用字典的操作来访问数据
>>> config['SAMPLE']['SUFFIX']
'fastq.gz'
>>> config['SAMPLE']['threads']
'5'
>>> config['MAPPING']['threads']
'10'

DEFAULT这个section有其特殊作用，定义了默认参数以及对应的值，所以上述代码中，在MAPPING这个section中也可以访问到threads的值。

读取的内容无论是什么类型，都用字符串来存储，所以对于数字，逻辑值需要我们自己来转换，写法如下

# 默认字符串
>>> config['MAPPING']['threads']
'10'
# 自己用int函数来转换
>>> int(config['MAPPING']['threads'])
10
# 用模块提供的getint方法来转换
>>> config['MAPPING'].getint('threads')
10

当然，也可以通过程序来生成ini文件，用法如下

>>> import configparser
>>> config = configparser.ConfigParser()
>>> config['DEFAULT'] = {'threads':5}
>>> config['SAMPLE'] = {'suffix': 'fastq.gz'}
>>> config['MAPPING'] = {}
>>> config['MAPPING']['method'] = 'bowtie2'
>>> config['MAPPING']['threads'] = '10'
>>> config['MAPPING']['filter'] = 'false'
>>> config['MAPPING']['mapq'] = '20'
>>> config['MAPPING']['map_ratio'] = '0.8'
>>>
>>> with open('config.ini', 'w') as f:
... config.write(f)
...
>>>

ini定义了配置文件的标准格式，通过configparser模块可以快速便捷的处理ini文件。

·end·

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