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人生苦短,我用python

来源:互联网 收集:自由互联 发布时间:2022-06-24
​ python的火热是大家有目共睹的,在生物信息领域也不例外,近几年新开发的软件中python的出现频率越来越高,学习和掌握python, 是大势所趋。 在过去的几年中,python2和python3同时共存

python的火热是大家有目共睹的,在生物信息领域也不例外,近几年新开发的软件中python的出现频率越来越高,学习和掌握python, 是大势所趋。

在过去的几年中,python2和python3同时共存,在使用过程中,经常出现pyton的不同版本,python模块的不同版本的兼容问题,在还没有conda和docker的年代,解决不同版本的共存问题真的是非常头痛。所以当时只学了点文本处理的皮毛,没有深入研究了。

从2020年开始,正式进入了python3的时代,而且拥有conda和docker技术的加持,版本问题不再是一个拦路虎,正是一个深入了解和掌握python的好时机。

内置的标准库赋予了python强大的功能,丰富的第三方模块更是使得python无所不能。对于生信分析而言,个人认为需要掌握以下几个方面

  • python语法基础, 包括变量类型,数据结构,运算符,程序的控制结构等等
  • 数据结构的操作,列表,字典,元组的相关操作
  • 正则表达式,文本处理必不可少的技能
  • 文件读写,实际使用中最高频的使用场景
  • 内置标准库的使用,os, sys等等
  • 科学计算相关模块,numpy, scipy等
  • 数据可视化,matplotlib, seaborn等
  • 生信专用模块的学习,比如biopython, pysam等
  • 特定格式的文本内容解析,比如json, xml等
  • 网络相关,下载网页并解析内容,urllib, request等
  • 办公软件,主要是python读写word, excel, 甚至是pdf
  • conda的使用
  • 网站和数据库搭建,django
  • 以上内容,除了最后一点比较考验个人的综合能力,使用频率较低,其他几点都是实际工作中经常会遇到的场景,只有熟练使用这些技能,才能够驾驭python,  使之成为我们手中数据分析的利器。

    接下来我会以推文的形式整理我的学习过程, 我相信,若能坚持,必将有效,在新的一年,收获新的技能!

    ·end·

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