很多人在讨论SEO的优势时会提到，SEO是免费的。其实SEO并不免费，也是要付出成本的。这里所说的成本不是指使用其他公司来优化网站的服务费用。就算你的网站不用任何外部服务，也不买任何软件，完全自己动手优化，也是要付出成本的。有时这个成本还很高。
一、人力成本
最显而易见的是人力成本。网站本身一般来说只要大规模优化一次，以后再小幅度修改即可，这部分的人力成本也许可以算入技术部门。但是外部链接建设、网站流量的跟踪、SEO策略更正、发现热点建设专题内容、遇到问题时分析寻找原因等这些工作，都不是一次性的，需要常年进行，这就必然需要有专门的SEO人员。对一些大网站来说，可能还需要一个SEO团队，工资等人力成本往往比外部服务费还要高很多。
二、机会成本
另一个不容易直接看到的是时间及机会成本。通过SEO做流量是需要一段时间的，尤其是新站。不要指望几个月内有很好的流量，对SEO的预期效果至少要放在半年到一年之后。但网上机会稍纵即逝，某些当红类型的网站要想迅速占领市场，靠SEO推广是不现实的。等过了半年一年，早就过这个村没这个店了。
所以SEO只适用于那些耗得起时间的网站，半年到一年之后，市场不至于出现惊人的变化。
三、失败风险
最终是否有效果也是SEO的一个风险。搜索引擎不是我们开的，谁也无法百分之百确保做了SEO，就一定能有排名和流量。再厉害的SEO也不能百分之百肯定。相信一些网站有这样的经验，花了时间、人力、精力、服务费，却没有什么效果。
四、SEO成功风险
就算通过SEO得到了很好的流量，也可能导致过度依靠搜索引擎流量的风险。小编看过一些网站，搜索流量占到总流量的80%~90%甚至更高。这一方面说明SEO做得不错，另一方面也意味着很大的潜在威胁。一旦搜索引擎改变算法，哪怕并不是针对你的网站有任何惩罚，也可能造成流量急剧下降甚至消失。如果没有点击流量和直接访问流量作为平衡，很可能对网站时一个致命的打击。SEO做得好的公司和站长，还必须花费更多精力去开拓流量来源，千万不可过度依赖搜索流量。