我想在给定符号列表的情况下迭代每个可能的k长度字符串(称为k-mer).例如,如果k = 3且symbols = {A,C,G,T},则: AAAAACAAG...TTGTTT 这是我生成字符串的代码: local k = 3local bases = {'A', 'C', 'T', 'G'}-
AAA AAC AAG ... TTG TTT
这是我生成字符串的代码:
local k = 3 local bases = {'A', 'C', 'T', 'G'} -- Generate the string (AAA...AAA) local kmer_gen = {} for i = 1,k do kmer_gen[i] = "A" end local kmer = table.concat(kmer_gen)
它有效,但肯定不好看.这可以更优雅地实现吗?
现在,我不知道如何迭代可能的k-mers.一种解决方案是保持替换每个字符,但这看不到有效.另一种方法是从二进制解码(每2位代表一个基数),但实现混乱并需要按位操作.还有其他想法吗?
这是一个使用迭代器的解决方案.这是协同程序的一个很好的例子,这是一种值得在Lua中了解的技术.另见 http://www.lua.org/pil/9.3.html.local bases = {'A', 'C', 'T', 'G'} local function allstrings(n,t,k,s) k=k or 1 s=s or {} if k>n then coroutine.yield(table.concat(s)) else for i=1,#t do s[k]=t[i] allstrings(n,t,k+1,s) end end end local function kmer(n,t) return coroutine.wrap(allstrings),n,t end for w in kmer(3,bases) do print(w) end