MetaGenyo是一个GWAS meta分析的在线网站,通过该网站,只需上传指定格式的文件,然后鼠标点击就可以轻松实现meta分析,网址如下 http://bioinfo.genyo.es/metagenyo/ 对应的数据格式
MetaGenyo是一个GWAS meta分析的在线网站,通过该网站,只需上传指定格式的文件,然后鼠标点击就可以轻松实现meta分析,网址如下
http://bioinfo.genyo.es/metagenyo/
对应的数据格式图示如下
每个文件表示的是一个SNP位点在多个study中的研究结果,每一行为一个study。其中有6列是必须的,即case和control两组中不同基因型的频数,上图中SNP位点有3种基因型AA, AT, TT,表头的格式是固定,基因型+cases/controls, 其他列是自定义的。
用法简便,包含以下几步
1. 上传数据
通过Data input菜单上传数据,示例数据如下
上传完成后,可以在Your data菜单查看文件内容,确认没问题之后,点击Next就可以了。
2. Hardy-Weinberg table
对于上传的数据,会进行哈温平衡的检验,结果如下所示
3. Association values
对于原始的频数分布,先针对每个study的结果进行关联分析,然后对多个study的结果进行meta分析,在进行关联分析时,会有以下模型
每种模型的结果都会给出,以第一种模型为例,结果如下所示
4. Forest plots
对于每个模型的meta分析结果,提供了如下所示的森林图
利用该网站,可以方便的对多个case/control关联分析的结果进行meta分析,当然该网站也有一定的限制,很多时候我们收集到的结果已经是pvalue值了,并不会有原始的频数分布,这个时候就无法使用该网站进行分析。
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