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点击鼠标即可完成GWAS meta分析,任何人都可以!

来源:互联网 收集:自由互联 发布时间:2022-06-23
​ MetaGenyo是一个GWAS meta分析的在线网站,通过该网站,只需上传指定格式的文件,然后鼠标点击就可以轻松实现meta分析,网址如下 ​​http://bioinfo.genyo.es/metagenyo/​​ 对应的数据格式

MetaGenyo是一个GWAS meta分析的在线网站,通过该网站,只需上传指定格式的文件,然后鼠标点击就可以轻松实现meta分析,网址如下

​​http://bioinfo.genyo.es/metagenyo/​​

对应的数据格式图示如下

点击鼠标即可完成GWAS meta分析,任何人都可以!_数据库

每个文件表示的是一个SNP位点在多个study中的研究结果,每一行为一个study。其中有6列是必须的,即case和control两组中不同基因型的频数,上图中SNP位点有3种基因型​​AA​​​, ​​AT​​​, ​​TT​​,表头的格式是固定,基因型+cases/controls, 其他列是自定义的。

用法简便,包含以下几步

1. 上传数据

通过​​Data input​​菜单上传数据,示例数据如下

点击鼠标即可完成GWAS meta分析,任何人都可以!_数据_02

上传完成后,可以在​​Your data​​​菜单查看文件内容,确认没问题之后,点击​​Next​​就可以了。

2.  Hardy-Weinberg table

对于上传的数据,会进行哈温平衡的检验,结果如下所示

点击鼠标即可完成GWAS meta分析,任何人都可以!_数据_03

3.  Association values

对于原始的频数分布,先针对每个study的结果进行关联分析,然后对多个study的结果进行meta分析,在进行关联分析时,会有以下模型

  • Allele contrast (A vs. T)
  • Recessive model (AA vs. AT+TT)
  • Dominant model (AA+AT vs. TT)
  • Overdominant model (AT vs. AA+TT)
  • AA vs. TT
  • AA vs. AT
  • AT vs. TT
  • 每种模型的结果都会给出,以第一种模型为例,结果如下所示

    点击鼠标即可完成GWAS meta分析,任何人都可以!_关联分析_04

    4. Forest plots

    对于每个模型的meta分析结果,提供了如下所示的森林图

    点击鼠标即可完成GWAS meta分析,任何人都可以!_数据库_05

    利用该网站,可以方便的对多个case/control关联分析的结果进行meta分析,当然该网站也有一定的限制,很多时候我们收集到的结果已经是pvalue值了,并不会有原始的频数分布,这个时候就无法使用该网站进行分析。

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    点击鼠标即可完成GWAS meta分析,任何人都可以!_数据库_06

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