[Linux] 非root安装Lefse软件及其数据分析

说明

​​Lefse​​​软件是宏组学物种研究常用软件，一般大家用在线版本即可。但要搭建在​​Linux​​集群环境中有点烦，记录一下折腾过程。

安装

这个软件是​​python2​​​写的，因此假设我已经安装好了较高版本的​​python2​​​以及​​pip​​​等工具，在此基础上来安装​​lefse​​​。
​​​lefse​​​下载地址：​​https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/​​​。这个网站有丰富的学习内容和教程，包括​​MetaPhIAn​​等流程，有时间去好好看看。

​​lefse​​​放在了​​bitbucket​​上，克隆一下到集群：

hg clone https://bitbucket.org/nsegata/lefse

完成后有如下文件：

目录下有个​​​requirement.txt​​​文件，里面列出了​​R​​​和​​Python​​需要安装的包和模块：

- R
- R libraries: splines, stats4, survival, mvtnorm, modeltools, coin, MASS
- python libraries: rpy2 (v. 2.1 or higher), numpy, matplotlib (v. 1.0 or higher), argparse

安装R包的过程基本上没啥问题，大部分还是我已经安装过的。​​python​​​的大部分模块也没问题，难就难在了​​rpy2​​。

首先，我直接用自己安装的​​python2​​​使用​​pip​​安装：

pip intall rpy2

直接报语法错误，如下：

在网上找了一圈也没有碰到同类型的问题，在这里卡了很久，分析脚本貌似也没问题，而且如果这个都语法错误，作者去吃屎吧。后来我才知道这尼玛​​​pip​​​自动安装第三版了，而第三版只支持​​python3​​​，不再支持​​python2​​。

那就直接下载模块安装吧。自然地下了个较新的版本，解压后安装：

python setup.py install

直接报错，说是版本太高了，​​rpy​​​的第三版已经不支持​​python2​​​啦，blabla。。。我看它这里​​rpy2​​​版本也有较高要求，于是下载了个​​2.9​​​版本的(​​各旧版本​​​ )，结果还是太高，你特么不是​​​python2​​​写的吗！不支持​​python2​​。试了几次，干脆了个2016年发行的，这次终于可以了。

但是肯定没有这么简单，安装过程又报错了：

下载不了这个玩意：​​​Download error on https://pypi.python.org/simple/singledispatch/​​​。网上有些答案乱七八糟，后来找到了一个能解决问题的，直接下载​​singledispatch​​​ 安装即可。
下载解压进入目录。
​​​python setup.py install​​​ 成功安装​​​singledispatch​​​后，再次安装​​rpy2​​​，这次没报错了。进入​​lefse​​​目录试运行一下：

应该是可以了。
再进去​​​example​​​中运行下测试​​shell​​​，但是这个​​demo​​​是针对​​bioconda​​​使用的，如果没用​​conda​​​，测试不了。对于这个软件我真是服气的。

总之，​​lefse​​软件算是安装成功了吧，至于测试，后续我再试试。

第二次更新：

接着来测试上次安装好的​​Lefse​​​软件，这个软件有现成的​​python​​​脚本进行数据处理和绘图，怎么用的话，在下载后​​example​​中和官方文档中都有说明，这里不作说明了。简言之，就是先处理，整理好数据格式，进行绘图。

试着用自己的数据处理了下。

python format_input.py test.txt result.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000
python run_lefse.py result.in result.res
python plot_res.py result.res result.png
.......

文件结果没有问题，绘图及其后续步骤报错了：

我怀疑是自己处理的数据格式有问题，于是下载了官网的测试数据：

wget http://huttenhower.sph.harvard.edu/webfm_send/129 -O hmp_aerobiosis_small.txt

还是同样的问题，数据处理正常，绘图错误。网上查了下，没有直接相关的问题，但大致猜到是​​matplotlib​​的问题。

我的系统除了我装的​​python​​​外，还有其他好几个​​python​​​版本的库，我当时只将其他版本的​​python​​​都注释了，然后将自己安装的​​python​​​及其库路径加入了环境变量，但没有注释掉其他​​python​​​版本的库。所以，我自己的​​python​​​其实是没有安装​​matplotlib​​的，用的是其他版本的。

将其他版本​​python​​​的库注释后，用自己的​​python​​​重新安装​​matplotlib​​​（一定要注释掉其他的库，否则会提示已安装，是装不上​​matplotlib​​​的）。

这时，再运行​​​lefse​​​时，没报错，所有结果都出来了！

看来当系统有多个版本时，用​​conda​​确实是有优势的，避免版本冲突。

作者：​​Bioinfarmer​​​​。若要及时了解动态信息，请关注同名微信公众号：Bioinfarmer。