CCLE:肿瘤细胞系百科全书

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CCLE全称如下

Cancer Cell Line Encyclopedia

是由Broad Institute研究所牵头发起的一项肿瘤基因组学研究项目，收集整理了1000多个肿瘤细胞系的组学数据，包含了以下类别

该数据库的网址如下

​​https://portals.broadinstitute.org/ccle​​

简单注册之后就可以查看其中的数据，最新版本共包含了1457个细胞系的相关数据，示意如下

通过首页的检索按钮，可以根据基因或者细胞系进行检索，以​​TP53​​为例，示意如下

检索结果包含以下几个部分

1. Distribution by Lineage

该部分用于比较基因对应的组学数据在不同细胞系间的分布，包含了以下几种

以mRNA的表达量为例，结果示意如下

2. Scatter Plots

该部分用散点图展示基因对应的组学数据，可以进行以下两种比较

以​​TP53​​​和​​ATL1​​基因的mRNA表达谱为例，结果示意如下

3. Mutation Data

这部分展示基因上的突变位点信息，示意如下

4. Fusion/Translocation Data

这部分展示该基因相关的融合基因/融合转录本信息，示意如下

5. Cpg Methylation Viewer

这部分展示基因上的甲基化位点信息，结果示意如下

数据库中的完整数据可以从以下链接进行下载

​​https://portals.broadinstitute.org/ccle/data​​

和TCGA, ICGC等数据库类似，CCLE也是一个大型的，公开的肿瘤基因组数据库，可以基于该数据库中的数据进行深入挖掘。

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