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IARC TP53数据库简介

来源:互联网 收集:自由互联 发布时间:2022-06-23
TP53基因,也称之为P53, 是一种抑癌基因,编码一种分子量为53KDa的蛋白质,介导细胞凋亡过程,通过介导癌细胞的凋亡过程,实现抑癌作用。作为最易突变和最重要的肿瘤抑制基因,T

TP53基因,也称之为P53, 是一种抑癌基因,编码一种分子量为53KDa的蛋白质,介导细胞凋亡过程,通过介导癌细胞的凋亡过程,实现抑癌作用。作为最易突变和最重要的肿瘤抑制基因,TP53基因相关突变研究的非常全面和深入。IARC TP53 database收集整理里文献发表和公共数据库中收录的TP53基因上的变异位点,数据库网址如下

​​http://p53.iarc.fr/Scope.aspx​​

该数据库收录了以下几种TP53基因相关变异信息

  • 癌症样本中的somatic mutations
  • 癌症患者,家属以及对照的正常样本中的germline mutations
  • human中常见的TP53多态位点
  • TP53突变蛋白的功能评级
  • 不同细胞系中TP53基因的突变信息
  • 小鼠模型中的TP53基因突变信息
  • 实验证据支持的突变
  • 同时还收录肿瘤患者的临床病理信息,生存数据等相关信息。通关官网的检索系统可以灵活的检索数据,最基本的检索方式是利用突变位点的描述信息,示意如下

    IARC TP53数据库简介_多态

    可以输入一个或者多个不同水平的突变描述信息进行检索,以​​C.524G>A​​为例,检索结果示意如下

    IARC TP53数据库简介_数据_02

    给出了对应的genomic, cDNA, protein3个水平的描述,对应的外显子位置,功能影响,和clinvar, cosmic, dbsnp, genomeAD等数据库的链接。除此之外,也可以根据突变位点的不同特征进行检索,示意如下

    IARC TP53数据库简介_多态_03

    可以根据碱基突变的类型,所处的外显子,突变是否有害,染色体位置等多种条件进行检索,检索结果的table形式和第一种检索结果相同,对于多个检索结果,可以查看其突变特征和在不同肿瘤中的分布

    1. Mutation distribution

    查看以下两种信息的分布

  • Mutation type
  • Mutation effects
  • Mutation type的结果示意如下

    IARC TP53数据库简介_数据_04

    Mutation effects的结果示意如下

    IARC TP53数据库简介_数据库_05

    2. Tumor  distribution

    查看somatic mutations和germline mutations在各种肿瘤上的分布,结果以柱状图展现,结果示意如下

    IARC TP53数据库简介_数据_06

    如果需要深入研究TP53基因的相关突变,该数据库非常值得参考。

    ·end·

    IARC TP53数据库简介_数据库_07

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