TSNAdb:肿瘤新抗原数据库

​

TSNAdb是一个肿瘤特异性新抗原的数据库，从TCGA和TCIA数据库中收集了16种肿瘤共7748个肿瘤样本的体细胞突变和HLA alleles信息，然后分别使用NetMHCpan v2.8和NetMHCpan v4.0两款软件来预测突变的肽段与HLA之间的亲和力，对应的文章链接如下

​​https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6203688/​​

数据库的网址如下

​​http://biopharm.zju.edu.cn/tsnadb​​

构建的pipeline 图示如下

在原始分析结果的基础上，提供了浏览，检索，验证和下载的功能。

1. Browser

通过基因名称来查看相关的肿瘤新抗原，可以指定分析的软件和肿瘤类型，检索框示意如下

结果示意如下

2. Search

通过基因名称进行检索，检索框示意如下

检索结果以热图进行展示，示意如下

热图中的每个格子代表突变的肽段与HLA alleles之前的结合亲和性，亲和性从低到高，颜色从黄色过渡到红色，有颜色的单元格代表一个肿瘤新抗原，鼠标悬浮到对应的单元格上可以显示突变，HLA Allel, 亲和性数值等具体信息。

3. Validation

利用IEDB数据库中提供的肽段与HLA亲和性数据进行验证，结果示意如下

4. Download

将分析结果按照不同的肿瘤类型分开，示意如下

通过TSNAdb可以快速检索肿瘤新抗原，分析查找多种肿瘤中共享的新抗原，有助于寻找新的免疫治疗靶点。

·end·