meta分析的森林图不会画？看这里

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metasoft是一款对多个study的GWAS分析结果进行meta分析的工具，该软件执行速度快，而且配套了画森林图的工具，非常的方便，官网如下

​​http://genetics.cs.ucla.edu/meta/​​

在处理不同study的异质性时，支持以下4种模型

Fixed Effects model(FE)

Random Effects model(RE)

Han and Eskin’s Ranodm Effects model(RE2)

Binary Effects model(BE)

和metal类似，metasoft也只需要一个配置文件即可，配置文件的内容示意如下

​​#​​开头的行是我后期加上去的，解释了每一列的含义，该文件以空格为分隔符，每一行为一个SNP位点，对于每个study的GWAS分析结果，以两列为单位进行展示，第一列为回归系数beta值，第二列为回归系数对应的标准误SE, 上述文件表示3个study的关联分析结果。

准备好输入文件之后，就可以运行该软件了，基本用法如下

java -jar Metasoft.jar -input example.txt

默认输出文件名称为​​out​​, 其列数很多，每一列的含义解释如下

根据不同的effect 模型, 综合所有study的研究结果，给出一个总的beta值，标准误以及p值，以固定效应模型​​FE​​为例，对应的有以下3列

PVALUE_FE

BETA_FE

STD_FE

同时为了量化不同study之间的异质性，使用了Cochran’s Q检验，该检验的统计量称之为Q, 并在此基础上定义了新的统计量I square, 计算公式如下

通常情况下，I square的值在0-0.25之间，认为是较低异质性；0.25-0.5之间，中等程度的异质性，0.5到0.75之间，真实存在异质性，0.75以上，异质性很大。

该工具还包含了一个名为​​ForestPMPlot​​的工具，可以基于metasoft的结果绘制森林图，基本用法如下

python pmplot.py \
data/input.txt \
data/output.txt \
study.name.txt \
study.order.txt \
rs32075748 \
Apoa2 \
Apoa2.pdf

第一个参数为metasoft的输入文件，第二个参数为metasoft的输出文件，第三个参数为每个study的名称，第四个参数为每个study对应的顺序，第五个参数为需要绘图的SNP ID，第六个参数为对应的基因，第七个参数为输出图片的名称，图片示意如下

利用该软件，不仅可以进行gwas meta-analysis, 还可以快速绘制森林图，推荐大家使用。

·end·

 

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