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TSGene:肿瘤抑癌基因数据库

来源:互联网 收集:自由互联 发布时间:2022-06-23
​ 抑癌基因tumor suppressor gene,简称TSG,是一类存在于正常细胞内,可以抑制细胞生长并且具有潜在抑癌作用的基因。TSGene是一个从文献中收集整理的抑癌基因数据库,文章发表在Nucleic

抑癌基因tumor suppressor gene,简称TSG,是一类存在于正常细胞内,可以抑制细胞生长并且具有潜在抑癌作用的基因。TSGene是一个从文献中收集整理的抑癌基因数据库,文章发表在Nucleic Acids Research,链接如下

​​https://academic.oup.com/nar/article/41/D1/D970/1074154​​

数据库的网址如下

​​https://bioinfo.uth.edu/TSGene/​​

最新版本为v2.0版本,共收录了1217个human TSGs, 其中包含1018个蛋白编码基因和199个lncRNA,同时对这些基因进行了多种注释,包括表达量,突变位点,蛋白相互作用等注释信息。通过官网的​​Query​​​菜单,可以检索基因的详细信息,以​​BRCA1​​为例,结果如下

1. General information

包含了基因名称,染色体位置,对应的pathway与疾病,序列等信息,示意如下

TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_官网

2. Literature

展示了该基因相关的文献和摘要信息,示意如下

TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_数据库_02

3. Expression

展示该基因在不同肿瘤的正常和患病样本的表达量信息,以及差异分析的结果,示意如下

TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_新版本_03

TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_官网_04

4. Regulation

包含了以下四种调控信息

  • miRNA与该基因的调控关系
  • 转录因子与该基因的调控关系
  • 该基因的转录后修饰
  • 该基因的甲基化表达谱
  • 利用miRTarBase数据库中的miRNA靶基因信息,提供了如下所示的miRNA调控网络,示意如下

    TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_新版本_05

    利用TransFac数据库提供了调控该基因的转录因子信息,示意如下

    TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_新版本_06

    利用Uniprot数据库提供了该基因的转录后修饰信息,示意如下

    TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_新版本_07

    利用DiseaseMeth数据库提供了该基因上的甲基化位点表达谱信息,示意如下

    TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_官网_08

    5. Variant

    利用COSMIC数据库,提供了该基因上的体细胞突变和CNV位点信息,体细胞突变的结果示意如下

    TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_新版本_09

    6. Interaction

    提供了基因的相互作用信息,其相互作用来源于多个数据库,示意如下

    TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_数据库_10

    数据库中的信息是免费下载的,这个数据库和ONGene数据库正好互补,对于肿瘤研究而言,这两个数据库都非常值得参考。

    ·end·

    TSGene:肿瘤抑癌基因数据库_新版本_11

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