想进行ATAC实战分析却苦于没有实际数据，看这里

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对于数据分析而言，实战操作是最佳的学习方式。在自己没有测序数据的情况下，可以从公共数据库中寻找我们需要的数据集。最为广泛使用的公共数据库包括GEO, TCGA, Encode等等，这些数据库称得上包罗万象，囊括了各种组学的数据。在没有实际数据集的情况下，都可以上这些数据库来找一找。

除了这些包罗万象的数据库之外，还有一些数据库，针对某一类型的数据集进行收集整理，其提供的数据集更加具有针对性。本文我们的主角就是一个专注表观修饰的数据库，Cistrome 。

该数据库的网址如下

​​http://cistrome.org/db/#/​​

对应的文章发表在Nucleic Acids Research杂志上，链接如下

​​https://academic.oup.com/nar/article/47/D1/D729/5193328​​

收录了以下3种类型的测序数据

该数据库最大的亮点在于提供了一个标准化的分析结果模板, 整个分析结果包含了下图所示的3大内容

• Visualization, 提供了对应的物种，转录因子名称，文献等注释信息，以及常规的QC指标和基因组浏览器的可视化结果
• Data, 提供了bed，bigwig格式的peak calling结果，以及BETA软件预测的peak对应的靶基因
• Toolkit, 提功了3种最经典的分析结果，对于感兴趣的基因，预测调控该基因的转录因子，对于感兴趣的染色体区间，查找结合到该区间的转录因子，对于输入的peak区间，查找结合区域与输入区间高度重叠的转录因子

通过首页的检索功能，可以快速检索感兴趣的数据集，以ATAC为例，检索条件示意如下

检索完成后，在下方的表格中会列出对应的结果，示意如下

点击每一行的结果，会在页面最下方显示其详细信息，包括了两个部分的结果，第一部分是visualization的结果，示意如下

第二部分是 Data的结果，示意如下

除了检索之外，该数据库还有很多的功能，更多的用法请参考官方文档。

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