当前位置 : 主页 > 编程语言 > java >

整理NAD+代谢相关基因

来源:互联网 收集:自由互联 发布时间:2022-06-23
在ALS患者NAD+基因预后模型的文献中,提供了NAD+代谢相关基因的集合 来自KEGG和Reactome两个数据库,本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法 1. KEGG 在该数据库中,代谢通路


在ALS患者NAD+基因预后模型的文献中,提供了NAD+代谢相关基因的集合

整理NAD+代谢相关基因_数据库

来自KEGG和Reactome两个数据库,本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法

1. KEGG

在该数据库中,代谢通路hsa00760表示烟酸和烟酰胺代谢通路,链接如下

​​https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway+hsa00760​​

从该链接可以看到,通路下包含了许多个基因

整理NAD+代谢相关基因_公众号_02

通过KEGG API, 可以一次性获取该通路的所有基因列表

​​http://rest.kegg.jp/get/hsa00760​​

2. reactome

在该数据库中,R-HSA-196807表示烟酸代谢通路,链接如下

​​https://reactome.org/content/detail/R-HSA-196807​​

整理NAD+代谢相关基因_数据库_03

通过该数据库的PathwayBrowser浏览器可以查看该通路下的所有基因,链接如下

​​https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-196807&DTAB=MT​​

选择Mulecules,可以下载该通路下的所有蛋白,化学小分子和药物信息,示意如下

整理NAD+代谢相关基因_公众号_04

将这两个数据库的基因列表合并,去重之后就得到了完整了NAD+代谢相关基因的集合。

·end·

整理NAD+代谢相关基因_数据分析_05

一个只分享干货的

生信公众号



上一篇:教你分析后缀为gpr的芯片数据
下一篇:没有了
网友评论