引用2000多次的ATAC经典文献也在用的peak calling软件-Genrich

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在之前的文章中，我们解读过一篇引用达2000多次的ATAC经典文献

​​引用2115次的ATAC经典论文解读​​

这篇文章中，使用了Genrich这个软件来进行peak calling。该软件适用于chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq等多种文库的peak calling，源代码保存在github上，链接如下

​​https://github.com/jsh58/Genrich​​

该软件用法简单，只需要输入排序之后的bam文件即可，其peak calling的基本算法如下所示

对原始bam文件进行过滤，该软件只针对双端测序的bam文件，默认情况下只保留双端同时比对到基因组上的序列。和macs2不同，该软件支持multimapping reads,对于比对到基因组多个位置的reads, 每个位置会计算一个权重。同时还可以过滤PCR重复序列，去除指定染色体上的序列

如果提供了control样本，首先利用control样本构建一个背景

对于treat样本，利用log-normal分布来计算每个位点的p值

多重假设检验的校正，将p值转换为q值

计算统计学显著，即p值或者q值小于0.05的区域，对应的曲线下的面积，即AUC, 设定AUC的阈值，如果一个区域的AUC大于阈值，则定义为peak

该软件有两种运行模式，第一种适用于chip_seq, 第二种适用于ATAC。对于ATAC的reads，需要对reads比对位置进行shift, 所以peak calling的模式也会有所不同，图示如下

默认情况下为第一种模式，通过​​-j​​参数可以调整为ATAC模式。默认模式下，将fragment两个末端对应的区域直接作为peak, 以chip_seq为例，抗体抓下来的reads就是蛋白结合区域的reads。而ATAC文库中Tn5切割的序列是在结合区域的两侧，所以在ATAC模式中，以fragment的中心点为基准，来判断真实的peak区域。

对于ATAC数据的peak calling而言，该软件的用法如下

Genrich \
-t SRR5427886.bam \
-o SRR5427886.narrowPeak \
-f SRR5427886.log \
-r \
-x \
-e chrM \
-E wgEncodeDukeMapabilityRegionsExcludable.bed.gz \
-q 0.05 \
-a 20.0

​​-t​​​参数指定输入的bam文件，​​-o​​​参数指定输出的peak文件，​​-f​​​参数指定log文件的名称。​​-r​​​参数表示去除PCR重复，​​-x​​​参数表示保留只有一端比对上基因组的reads，​​-e​​​参数剔除指定染色体上的序列，​​-E​​​参数剔除bed文件中指定的基因组区域。​​-q​​​参数指定qvalue的阈值，​​-a​​参数指定AUC面积的阈值，

对于ATAC的peak calling而言，除了MACS2, 该软件也是一个不错的选择。

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