玩转基因组浏览器之分面操作

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在使用IGV时进行结果查看时，我们感兴趣的基因组区域通常是多个，如下图所示

对于多个染色体区域的同时查看，我们可以通过IGV的分面功能来轻松实现，具体操作方法有以下几种

1. 搜索框

在左上角的搜索框中，我们可以通过输入基因组区域或者感兴趣的基因名称来查看特定区域，当同时输入多个基因组区域或者基因名称时，可以实现分面效果

多个条目之间用空格分隔，点击​​Go​​按钮之后，效果如下

2. Region Navigator

通过菜单栏的Regions->Region Navigator按钮，可以打开如下所示的输入框

点击​​Add​​​按钮，添加基因组区域。添加多个之后，鼠标左键同时选中，点击​​View​​按钮，可以实现分面效果。

3. Gene LIst

通过菜单栏的Regions->Gene Lists按钮，可以打开如下所示的输入框

软件已经内置了许多的基因list, 通过​​Import​​按钮可以导入自定义的基因列表，要求格式为gmt格式，定义如下

可以通过​​new​​按钮进行添加， 如下所示

以上三种方式适合任意格式的数据展示，对于bam文件，直接右键可以选择View mate in split screen，也可以实现分面效果，更加详细的描述可以查看以下网页

​​http://software.broadinstitute.org/software/igv/multilocus_view​​

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